3月，傅钟率抗大第五期第五大队到瓦窑堡，他随一大队返回延安。任中央军委总政治部组织部副部长，不久，根据毛泽东提议，任总政组织部部长。期间，在极端困难的情况下坚持抗日，为加强我军政治思想建设和组织建设不懈工作，作出了重要贡献。
1941年
11月，与延安中国女子大学学员李昭结婚。
1942年
任中央军委整风领导委员会成员，并在5月13日《解放日报》发表整风学习谈话。
1945年
4月，当选为中共七大代表，出席在延安召开的中国共产党第七次全国代表大会。
10月，率部离开延安前往热河。
1946年
1月，派往冀热辽军区，担任军区代理政治部主任。
3月，边治病边参加北平军调处执行部工作。
4月，病重，转往张家口住院治疗。
1947年
6月，任新组建的晋察冀野战军第四纵队政委，与司令员陈正湘率部先后参与了大同集宁战役、张家口保卫战、易涞战役、张南战役、正太战役、青沧战役等。
9月，任新组建的晋察冀野战军第三纵队政委，与司令员郑维山率部参加了保北战役、清风店战役、石家庄战役、察南战役。
1948年
8月，任华北军区第一兵团政治部主任，参加领导了太原、宝鸡等战役。
11月，华北军区副司令员兼第一兵团司令员徐向前病重，中央书记处指示由周士第、陈漫远、胡耀邦三人接替徐向前的指挥，围困太原，直至徐病愈。
1949年
1月，任华北军区第十八兵团政治部主任。3月，与徐向前、周士第、陈漫远、杨得志、罗瑞卿、杨成武、李天
焕等组成太原战役总前委，参与领导解放太原战役。4月22日，太原解放，兼任太原军管会副主任。5月，十八兵团改为隶属第一野战军，仍任政治处主任。提出十八兵
团太原战役结束后的善后工作，准备进军大西南。参加领导攻打扶郿、宝鸡等战役。9月中旬，作为中国新民主主义青年团十名代表之一，进京参加中国人民政治协商会议第一次会议。10月1日，参加中华人民共和国开国大典。
11月，回到十八兵团，召开团以上干部会议，传达全国政治协商会议精神。冬，率领十八兵团进军大西南。参加成都战役，不久，大西南解放。
12月18日，被中共中央西南局任命为中共川北区临时工委书记。
1950年
2月21日，任中共川北区党委书记、川北行政公署主任、川北军区政委和西南军政委员会委员。3月，参加西南军政委员会召开的西南土地改革会议，参加起草《西南地区减租退押条例》。
1951年
5月，主持召开川北区党委扩大会议，制定《正确开展惩治不法地主
斗争的几项规定》。11月，出席西南军政委员会第二次会议。12月，组织进行反对贪污、反对浪费、反对官僚主义的“三反”运动
的学习。

1952年
7月，奉调进京。8月25日至9月4日，参加新民主主义青年团一届三中全会，当选为中国新民主主义青年团中央委员会书记。
1953年
1月5日，出席青年团一届四中全会。会议通过青年团出席党的全国代
表大会的代表人选和关于召开青年团二大的报告。3月15日至31日，出席青年团中央第三次学校工作会议。4月12日，由青年出版社与开明书店合并组成的中国青年出版社董事
会第一次会议在北京召开，出席董事会（胡耀邦、邵力子、刘导生三人为常务董事）。5月8日，在中国工会第七次全国代表大会上作了《在工业战线上前进
的中国青年》的发言。6月23日，出席青年团一届五中全会。6月23日至7月2日，出席青年团第二次全国代表大会。这次大会是青
年团在我国开始进入有计划经济建设时期的誓师大会。胡耀邦作了题为
《团结全国青年在建设祖国伟大行列中奋勇前进》的工作报告。6月30日，毛主席接见青年团二大主席团成员并作了重要指示。7月，在青年团二届一中全会上继续当选为团中央书记。同月，以中国青年代表团团长身份，率团参加在罗马尼亚布加勒斯特
召开的世界青年代表大会和第四届世界青年与学生和平友谊联欢节。8月，以中国代表团团长身份，出席在北京召开的世界民主主义联盟理